2017年11月7日，根据《中华人民共和国慈善法》和《慈善组织认定办法》及有关法律法规规定的条件，东南大学教育基金会被江苏省民政厅依法认定为慈善组织。
获得慈善组织认定是江苏省民政厅及社会各界对东南大学教育基金会多年来工作的充分肯定。基金会将继续加强内部建设，加大与海内外各界的联系与合作，进一步提高基金会公信力，促进慈善组织规范化建设，推动基金会健康有序发展。
依照《慈善法》和税收法律法规规定，东南大学教育基金会将享受一系列税收优惠政策，其中包括:企业的捐赠支出超过年度利润总额12%的部分，准予结转以后三年内在计算应纳税所得额时扣除；营改增后，企业用于公益性捐赠的无偿行为，属于“不征增值税项目”而非“免征增值税项目”，既不征收增值税，相应的进项税额也无需转出；个人将其所得向基金会捐赠的，捐赠额未超过纳税义务人申报的应纳税所得额30%的部分，可以从其应纳税所得额中扣除。
